В 2001 году группа учёных и политиков запустила проект под названием Dark Winter, который представляет собою особую программу, призванную проверить способность общества быстро реагировать на атаки био-террористов. Симуляция выявила то, как быстро всё может разрушиться, приведя ко множеству смертей и полному развалу цивилизованного общества. Эпидемия начинается во время Чёрной Пятницы в Нью-Йорке — дня наиболее массовых покупок в году. События игры развиваются несколько лет спустя, в Нью-Йорке, который поделен на несколько зон. Игроки контролируют повстанцев, которые сражаются с правительственными войсками и друг с другом за ресурсы и оружие.